蘇男後來向時任衛福部長陳時中和食藥署長吳秀梅要求道歉，但未獲得回應。他控告兩人涉嫌誣告罪，並聲稱兩人虛構他有違法犯意，導致他名譽受損以及時間損失，因此提起民事訴訟，要求向兩人求償新台幣100萬元。
一審台北地方法院認為，衛福部和食藥署依法定職權向檢調單位告發屬於合法職務執行，其目的是針對錯誤資訊進行處理，因此原告的求償請求毫無依據，判決蘇男敗訴。蘇男不服一審判決，提起上訴，並增加求償金額至150萬元。二審由台灣高等法院審理，今天駁回上訴，確定陳時中和吳秀梅免於賠償。
二審合議庭認為，蘇男當時引用的原論文實驗數據存在誤植，實際應為「搖頭丸（MDMA）的0.25倍」。食藥署及時提供了正確的資訊以避免民眾誤解和過度恐慌，並在新聞中澄清，接受媒體訪問時也提供了正確的信息。這些都是在履行職務的過程中進行的，並且並未對蘇男進行不實指控或侮辱性言論，因此不應被認定為損害蘇男名譽的行為。
二審指出，陳時中和吳秀梅作為機關首長，根據機關的裁量結果，依據法定職權對蘇男違反食品安全法的行為進行告發，並不存在故意違反職務的行為。
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