濕地具有獨特的景觀與生態體系，是動植物的重要棲息地與基因庫。具有維護生物多樣性，保水抑洪、淨化水質、生態旅遊、環境教育等功能。濕地也是生產力最高的生態系之一，不但是無數生物的棲地，也是在溫室氣體減量過程中，扮演碳匯功能的重要環境。台灣以往對濕地的認識不足，導致濕地的價值長期被忽略，加上人口增長與土地開發，已有許多濕地遭受不可回復的破壞。2010年第10屆全球生物多樣性公約大會，大會通過「里山倡議」。農田濕地生態系的保育受到重視。
農業部林業及自然保育署林華慶署長：「2010年在生物多樣性締約方大會，所通過的這個「里山倡議」，事實上跟我們原本在推動的這個水梯田的這些保育工作呢，是不謀而合的，所以我們就決定說，也把里山倡議這樣的理念呢，也導入到台灣來。」
里山倡議以永續利用的方式，來管理土地和自然資源，保護和重建人類與大自然互動，所形塑的社會、生態、生產的地景，達到兼顧生物多樣性維護，與資源永續利用的願景為了更有效推動農田生態系的保育，農業部林業及自然保育署致力於保存具生態景觀，與文化價值的珍貴水梯田濕地生態環境，進而保育棲息在農田濕地的珍稀動植物物種。
農業部林業及自然保育署林華慶署長：「其實我們的理念就是希望說能夠促進，在這些水梯田耕地的這些農民，那他可以繼續去使用這種友善的方式、永續的方式，一些珍稀的動物或者是植物，牠也可以在這個地方繼續永續的生存下去。」
友善的水稻田管理，可發揮重要的人工濕地功能，提供生態系統服務。農田濕地生態系，也屬於野生動物重要棲息環境。從野生動物保育的觀點而言，必須加以保護保育。
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